La Summitul NATO de la Bruxelles din iulie 2018, Președintele României a făcut cunoscută intenția de a dezvolta pe teritoriul național o capabilitate NATO de comandă și control, în contextul demersului de adaptare a structurii de comandă a NATO și în condițiile necesității de adaptare la un mediu de securitate regional și internațional instabil. Inițiativa României a fost primită cu interes și agreată de către participanții la acest eveniment. În perioada care a urmat, au avut loc o serie de discuții și întâlniri cu aliații din NATO și au fost declanșate pregătirile pentru înființarea acestei structuri pe teritoriul național.
Consiliul Suprem de Apărare al Țării (CSAȚ) a aprobat (16.04.2020) constituirea, pe teritoriul României, a Comandamentului Corpului Multinațional de Sud-Est al NATO - HQ MNC-SE, în Garnizoana Sibiu, cu dislocarea temporară a acestei structuri în capitala țării, București. România și-a asumat rolul de națiune cadru.
Cadrul legal necesar pentru asigurarea sprijinului națiunii cadru (Acordul suplimentar la Protocolul de la Paris dintre Guvernul României și Comandamentul Suprem al Forțelor Aliate din Europa - ACO și Comandamentul Suprem Aliat pentru Transformare - ACT, semnat la Bruxelles la data de 2 decembrie 2015) există și a fost deja implementat pentru celelalte entități multinaționale NATO constituite în România (Comandamentul Multinațional de Divizie Sud-Est / HQ MND-SE, Comandamentul Brigăzii Multinaționale Sud-Est / HQ MNBDE-SE, Unitatea NATO de Integrare a Forțelor / NFIU).
În luna martie 2020, la Comandamentul Suprem al Forțelor Aliate în Europa (Mons, Belgia) s-au desfășurat Conferința de Alocare a Posturilor și Conferința pentru Memorandumul de Înțelegere, cu participarea reprezentanților statelor membre ale Alianței. Cu aceste ocazii, mai multe state membre s-au angajat să participe cu personal și/sau sprijin material la noua structură multinațională.
La data de 18.06.2020, la propunerea președintelui României, cu avizul Consiliului Suprem de Apărare a Țării, Parlamentul României a aprobat (prin Hotărârea nr. 8 din 18 iunie 2020) înființarea, pe teritoriul României, a Comandamentului Corpului Multinațional de Sud-Est al NATO, sub denumirea Headquarters Multinational Corps South-East (HQ MNC-SE). Potrivit hotărârii Parlamentului, HQ MNC-SE va avea statut de comandament militar internațional subordonat pe linie de comandă unui comandament aliat. Structura va funcționa temporar în capitala țării, București.
Ceremonia de înființare a HQ MNC-SE a avut loc la data de 23 iulie 2020, la Centrul Național de Instruire Întrunită ”GETICA” din localitatea Cincu, județul Brașov, în prezența Președintelui României, Excelența sa, domnul Klaus IOHANNIS, a ministrului apărării naționale, Nicolae-Ionel CIUCĂ și a șefului Statului Major al Apărării, generalul-locotenent Daniel PETRESCU. În cadrul ceremoniei s-a dat citire ordinului de împuternicire a comandantului MNC-SE, generalul-maior Tomiță-Cătălin TOMESCU, căruia i-a fost încredințat Drapelul de Identificare al unității de către Președintele României.
Prin decizia Consiliului Nord Atlantic (NAC), începând cu data de 16.02.2021, HQ MNC-SE este activat ca Structură Militară a NATO (NATO Military Body) și a obținut statutul de Comandament Militar Internațional NATO, în conformitate cu prevederile Protocolului privind statutul comandamentelor militare internaţionale, înfiinţate în temeiul Tratatului Atlanticului de Nord (Protocolul de la Paris din 28 august 1952) și ale Acordului dintre statele părți la Atlanticul de Nord cu privire la statutul forțelor lor, semnat la Londra la 19 iunie 1951, la care România a aderat prin Legea nr. 362/2004.
La data de 14 iunie 2021, la finalul exercițiului de comandament DEFENDER Europe 21 CAX/CPX, comandantul HQ MNC-SE, generalul-locotenent Tomiță-Cătălin TOMESCU a declarat realizarea Capacității Operaționale Inițiale de către HQ MNC-SE, ceea ce va permite funcționarea HQ MNC-SE în rolul de comandament de corp în Structura de Forțe NATO.
Începând cu data de 1 iulie 2021, în conformitate cu Hotărârea nr. 8 din 18 iunie 2020 a Parlamentului României, Comandamentul Corpului Multinațional de Sud-Est (HQ MNC-SE) se redislocă din București și își începe oficial activitatea în garnizoana Sibiu.
În data de 28 februarie 2022, în garnizoana Sibiu, a avut loc ceremonia militară organizată cu ocazia schimbării comenzii Comandamentului Corpului Multinaţional de Sud-Est (HQ MNC-SE). Generalul-locotenent Tomiță-Cătălin TOMESCU, aflat la conducerea HQ MNC-SE de la înființarea acestuia în luna iulie a anului 2020, a predat comanda corpului multinațional generalului-maior Dragoș-Dumitru IACOB. Ceremonia s-a desfășurat în prezența șefului Statului Major al Apărării, generalul Daniel PETRESCU, a locțiitorului comandantului Comandamentului Forțelor Întrunite Aliate de la Napoli, generalul-locotenent Jocelyn PAUL, a comandantului Comandamentului Forțelor Terestre Aliate (LANDCOM), generalul-locotenent Roger J. CLOUTIER, a comandanților din structura de forțe a NATO, precum și a reprezentanților autorităților publice și structurilor din sistemul național de apărare, ordine publică și securitate națională.
În data de 20 ianuarie 2023, în cadrul unei ceremonii organizate la comandamentul Diviziei de Sud-Est din București, România, MNC-SE a preluat comanda și controlul Forțelor terestre NATO dislocate în România și Bulgaria: Divizia Multinațională de Sud-Est (MND-SE), Unitatea de Integrare a Forțelor NATO Bulgaria (NFIU-BGR) și Unitatea de Integrare a Forțelor NATO România (NFIU-ROU).
